随着时代的变迁，引起细菌性角膜炎的致病细菌也在发生变化。从20世纪50年代以肺炎球菌为主，到60年代金黄色葡萄球菌占优势，再到70年代铜绿假单胞菌成为主要致病菌。近年来，其他革兰阴性菌如不发酵革兰阴性杆菌、黏质沙雷菌、厌氧性细菌等也逐渐增多。目前最常见的致病细菌有四种，分别是革兰阳性菌中的肺炎链球菌和金黄色葡萄球菌，革兰阴性菌中的铜绿假单胞菌和莫拉菌，简称为SSPM感染。外伤是细菌性角膜炎最常见的危险因素之一，职业性眼前节的外伤中，有6%会发生细菌性角膜炎。在农村，角膜擦伤的患者发生细菌性感染的占5%。各种原因导致角膜上皮和基质的外伤，首先使角膜基质组织暴露于结膜囊正常菌群，易导致细菌感染；角膜异物及污染水源溅入等均是外界细菌进入角膜的重要载体；如果患者有慢性细菌性睑缘炎或泪囊炎存在，这些部位的细菌很容易导致角膜感染。

在发达国家，配戴角膜接触镜是细菌性角膜炎最常见的危险因素，所有类型的角膜接触镜都可能造成角膜的细菌感染，其中软性接触镜过夜配戴者发生比例最高。配戴角膜接触镜导致角膜细菌感染，与接触镜本身对角膜上皮结构及功能的影响、镜片及镜片盒的细菌污染、配戴和护理方式以及配戴者的生活与卫生习惯等均有密切关系。

眼表疾病当中，泪液量及泪液成分的异常及眼睑闭合功能的破坏为常见的与角膜细菌感染相关的因素。所有引起角膜上皮破坏的病变如单孢病毒性角膜上皮性病变、长期应用抗生素或抗病毒药物导致的上皮细胞中毒、局部长期使用糖皮质激素、内皮失代偿所引起的大泡性角膜病变，以及各种累及角膜上皮的变性与营养不良等，均可能继发细菌感染。

细菌性角膜炎的发病机制是细菌与宿主反应共同作用的结果。造成角膜炎的细菌种类众多，其中以微球菌科（主要是葡萄球菌属和微球菌属）、链球菌属、假单胞菌属及肠杆菌科为主，约87%的细菌性角膜炎是由上述四类细菌所致。不同种类的细菌具有不同的毒力和侵袭力，能够产生多种致病因子，包括与感染扩散有关的因子和毒性相关的因子。例如，金黄色葡萄球菌能够产生血浆凝固酶、溶血毒素等；铜绿假单胞菌感染除与眼部防御能力下降有关外，主要与细菌的毒力和侵袭力有关，能够产生外毒素A、弹性蛋白酶、胞外酶s等重要致病物质；摩拉杆菌性角膜炎的致病菌可产生蛋白酶与内毒素，分解破坏角膜组织；放线菌性角膜炎的奴卡菌属导致的角膜炎在感染性角膜炎中所占的比例不足1/100，奴卡菌为专性细胞内生长的微生物，可在吞噬细胞内繁殖，不产生外毒素，繁殖速度较慢；链球菌性角膜炎的链球菌可产生多种毒素，主要有溶血毒素和红疹毒素；沙雷门菌性角膜炎的沙雷门菌很难侵入正常的角膜组织，只有当角膜上皮屏障作用被破坏时，细菌才可侵入角膜基质内并进行繁殖；痤疮丙酸杆菌性角膜炎的痤疮丙酸杆菌为条件致病菌，感染一般与黏膜屏障破坏和组织缺氧坏死有关，释放的多糖具有白细胞趋化性，细菌可在细胞内繁殖。